Η διαμάχη του με τον αντιπρόεδρο της Ντιναμό Ζάγκρεμπ, Ζντράβκο Μάμιτς, στοίχισε στον Μπράνκο Ιβάνκοβιτς τη θέση του προπονητή. Ο τελευταίος απολύθηκε, παρά το γεγονός ότι η ομάδα της πρωτεύουσας είναι πρωτοπόρος στο πρωτάθλημα Κροατίας και συνεχίζει στο Κύπελλο UEFA. Αξίζει να σημειωθεί ότι ο Ιβάνκοβιτς έγινε ο 14ος προπονητής που απολύεται από την Ντιναμό από το 2000, όταν ο Μάμιτς, που ουσιαστικά διευθύνει το σύλλογο, ανέλαβε τα καθήκοντά του. Χρέη υπηρεσιακού τεχνικού αναλαμβάνει ο Μάριαν Βλακ, ωσότου επιλέξει η διοίκηση τον αντικαταστάτη του Ιβάνκοβιτς.
Ο Μπράνκο Ιβάνκοβιτς είχε αναλάβει την Ντιναμό τον Νοέμβριο του 2006, τον Ιανουάριο του 2008 παραιτήθηκε λόγω διαφορών με τον Ζντράβκο Μάμιτς και πέντε μήνες μετά επέστρεψε, αντικαθιστώντας τον Σβόνιμιρ Σόλντο.