Ο Παναθηναϊκός τερμάτισε πρώτος στον δεύτερο όμιλο του Champions League και πλέον αγωνιά για την κλήρωση της φάσης των «16», που θα γίνει στις 19 Δεκεμβρίου και από την οποία θα μάθει ποια ομάδα θα βρεθεί στο δρόμο του στις 24-25/2 και 10-11/3 του 2009.
Οι «πράσινοι» θα αναμετρηθούν με μία από τις δεύτερες ομάδες των υπολοίπων ομίλων, εξαιρουμένης της Ίντερ, με την οποία συνυπήρχαν στο ίδιο γκρουπ, ενώ ο πρώτος αγώνας θα διεξαχθεί εκτός έδρας και ο επαναληπτικός στο ΟΑΚΑ.
Υποψήφιοι αντίπαλοι είναι οι Τσέλσι, Σπόρτινγκ Λισσαβώνας, Ατλέτικο Μαδρίτης, Βιγιαρεάλ, Λιόν, Άρσεναλ και Ρεάλ Μαδρίτης. Αντίθετα, δεν μπορούν να βρεθούν στο δρόμο του Παναθηναϊκού οι πρώτες των υπολοίπων επτά γκρουπ Ρόμα, Μπαρτσελόνα, Λίβερπουλ, Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ, Μπάγερν Μονάχου, Πόρτο και Γιουβέντους. Αξίζει να σημειωθεί ότι στη φάση των «16» δεν μπορούν να αναμετρηθούν ομάδες από την ίδια χώρα (π.χ Τσέλσι-Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ ή Ατλέτικο Μαδρίτης-Μπαρτσελόνα).