Μέχρι το καλοκαίρι του 2009 επέκτεινε το συμβόλαιό του με τη Μπάγερ Λεβερκούζεν, το οποίο έληγε το 2008, ο Ζουάν. Ο 27χρονος Βραζιλιάνος αμυντικός, ο οποίος βρισκόταν στο στόχαστρο του Ολυμπιακού, μετακόμισε στη γερμανική ομάδα το 2002 ενώ αποτελεί βασικό στέλεχος της εθνικής Βραζιλίας. Έχει 34 συμμετοχές ενώ συμπεριλαμβάνεται στην 11αδα που ανακοίνωσε ο Κάρλος Αλμπέρτο Παρέιρα για τον πρώτο αγώνα της «σελεσάο» στο Παγκόσμιο Κύπελλο με την Κροατία.
Ο γενικός Διευθυντής της Μπάγερ Λεβερκούζεν, Ρούντι Φέλερ, με δηλώσεις του εξέφρασε την ικανοποίησή του για την παραμονή του Βραζιλιάνου. «Είμαστε απόλυτα ικανοποιημένοι από το γεγονός ότι ένας παίκτης με το κύρος του Ζουάν αποφάσισε να μείνει στην Λεβερκούζεν. Αυτό σημαίνει ότι οι απαιτήσεις ενόψει της νέας περιόδου και ειδικά στην Ευρώπη είναι αυξημένες» τόνισε σχετικά.
Η καριέρα του Ζουάν με αριθμούς:
1996: Φλαμένγκο 11 συμμετοχές, 0 γκολ
1997: Φλαμένγκο 14, 2
1998: Φλαμένγκο 10, 0
1999: Φλαμένγκο 9, 1
2000: Φλαμένγκο 11, 2
2002/03: Μπάγερ Λεβερκούζεν 24, 2
2003/04: Μπάγερ Λεβερκούζεν 29, 2
2004/05: Μπάγερ Λεβερκούζεν 28, 1
2005/06: Μπάγερ Λεβερκούζεν 30, 3
Επιμέλεια: Γιάννης Ντούζγος