Ως μέλος της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας αναγνωρίστηκε την Τετάρτη η Σούπερ Λίγκα, στη συνεδρίαση του Δ.Σ. της ΕΠΟ. Επιπλέον, το Δ.Σ. αποφάσισε να διεξαχθεί έκτακτη γενική συνέλευση των Ενώσεων μελών της ΕΠΟ για προσαρμογή του καταστατικού και των κανονισμών της Ομοσπονδίας στη νέα διάταξη του νόμου που ψηφίστηκε στη Βουλή. Ακόμη, εγκρίθηκε το αγωνιστικό πρόγραμμα του Κυπέλλου Ελλάδας για την περίοδο 2006-2007, ανανεώθηκαν οι συμβάσεις των ομοσπονδιακών τεχνικών και των περιφερειακών προπονητών ως τις 30/06/2007, ενώ τα τηλεοπτικά δικαιώματα των αγώνων της Εθνικής Ανδρών για τα προκριματικά του Παγκοσμίου Κυπέλλου του 2010 εκχωρήθηκαν στο MEGA.
Ο Βασίλης Γκαγκάτσης ενημέρωσε τα μέλη του Δ.Σ. για τις τελευταίες εξελίξεις, όσον αφορά τον αθλητικό νόμο που ψηφίστηκε το βράδυ της Τρίτης στη Βουλή, αλλά και τις συζητήσεις που έγιναν όλο το τελευταίο χρονικό διάστημα με αφορμή την απόφαση της FIFA για αποκλεισμό της ΕΠΟ από μέλους της. Όπως ανέφερε ο πρόεδρος της ΕΠΟ, «ανοίγει μια νέα σελίδα για το ελληνικό ποδόσφαιρο και χρειάζεται να γίνει μεγάλη προσπάθεια απ΄ όλους μας για την πρόοδο του αθλήματος. Σε αυτή την προσπάθεια δεν περισσεύει κανείς και πρέπει όλοι μαζί, με ομοψυχία, να κάνουμε ό,τι είναι ανθρωπίνως δυνατό, έτσι ώστε το ποδόσφαιρό μας να τύχει περαιτέρω αναβάθμισης και διεθνούς αναγνώρισης και καταξίωσης».
Στη συνεδρίαση του Δ.Σ της ΕΠΟ την Τετάρτη εγκρίθηκε η αναγνώριση της Επαγγελματικής Ενωσης Α΄ Εθνικής (Super League) ως μέλος της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας και στην προσεχή γενική συνέλευση των μελών Ενώσεων της ΕΠΟ θα τεθεί προς επικύρωση η σχετική απόφαση. Ακόμη, το Δ.Σ. αποφάσισε να διεξαχθεί έκτακτη γενική συνέλευση των Ενώσεων μελών της ΕΠΟ για προσαρμογή του καταστατικού και των κανονισμών της Ομοσπονδίας στη νέα διάταξη του νόμου που ψηφίστηκε στη Βουλή. Η γενική συνέλευση θα πραγματοποιηθεί στις 18 Αυγούστου 2006 (10.00), στα γραφεία της Ελληνικής Ολυμπιακής Επιτροπής.
Η Ομοσπονδία αποφάσισε επίσης την ανανέωση των συμβάσεων των ομοσπονδιακών τεχνικών και των περιφερειακών προπονητών ως τις 30/06/2007. Ομοσπονδιακοί προπονητές είναι οι Στέλιος Αποσπόρης (Ελπίδων), Νίκος Νιόπλιας (Νέων), Γιώργος Σεμερτζίδης (Παίδων), Νίκος Σαργκάνης (τερματοφυλάκων) και Δημήτρης Μπατσίλας (Γυναικών), ενώ περιφερειακοί, που ταυτόχρονα εκτελούν και χρέη βοηθών στους ομοσπονδιακούς, είναι οι Αλέξης Αλεξίου, Μιχάλης Ιορδανίδης, Γιώργος Κοκολάκης και Γρηγόρης Χαραλαμπίδης.
Παράλληλα, εγκρίθηκε το αγωνιστικό πρόγραμμα του Κυπέλλου Ελλάδος, για την αγωνιστική περίοδο 2006-2007, που προβλέπει τα εξής:
- Η κλήρωση για τις τέσσερις πρώτες φάσεις της διοργάνωσης θα διεξαχθεί στις 17/08/2006 ενώ σημειώνεται ότι οι αγώνες είναι νοκ-άουτ και θα διεξαχθούν στις έδρες των ομάδων που θα προέρχονται από κατώτερες κατηγορίες. Από την πέμπτη φάση και μετά οι αγώνες, εκτός του τελικού, θα είναι διπλοί στις έδρες και των δύο ομάδων. Η κλήρωση για τους αγώνες μετά την πέμπτη φάση και έως την ημιτελική φάση θα διενεργηθεί μετά την ολοκλήρωση της τέταρτης φάσης.
- Η πρώτη φάση θα διεξαχθεί στις 26-27/08/2006 με ομάδες Γ΄ Εθνικής Κατηγορίας.
- Η δεύτερη φάση θα διεξαχθεί στις 20/09/2006, στην οποία θα συμμετάσχουν και οι ομάδες της Β΄ Εθνικής Κατηγορίας. Τα ζευγάρια υποχρεωτικά θα συμπεριλαμβάνουν μία ομάδα από τη Γ΄ Εθνική και μία από τη Β΄ Εθνική κατηγορία.
- Η τρίτη φάση θα διεξαχθεί στις 27/09/2006 και σε αυτή θα συμμετάσχουν τέσσερις ομάδες που θα έχουν προκριθεί από τη δεύτερη φάση, ενώ θα εξαιρεθούν οι άλλες δεκατέσσερις ομάδες, που θα περάσουν άνευ αγώνος στην τέταρτη φάση.
- Η τέταρτη φάση θα διεξαχθεί στις 08/11/2006 με τη συμμετοχή και των ομάδων της Α΄ Εθνικής Κατηγορίας.
- Η πέμπτη φάση του θεσμού θα διεξαχθεί στις 20/12/2006 και στις 10/01/2007.
- Η έκτη (προημιτελική) φάση θα διεξαχθεί στις 17/01/2007 και στις 31/01/2007.
- Η έβδομη (ημιτελική) φάση θα διεξαχθεί στις 28/02/2007 και στις 18/04/2007.
- Ο τελικός της διοργάνωσης είναι προγραμματισμένος για τις 05/05/2007, στο Πανθεσσαλικό Στάδιο.
Ακόμη, τα τηλεοπτικά δικαιώματα των αγώνων της Εθνικής Ανδρών για τα προκριματικά του Παγκοσμίου Κυπέλλου 2010 εκχωρήθηκαν στον τηλεοπτικό σταθμό Mega Channel για τις μεταδόσεις εντός Ελλάδος και στην εταιρία Sportfive για τις μεταδόσεις εκτός Ελλάδος. Οι μετεγγραφές των επαγγελματιών ποδοσφαιριστών θα διαρκέσουν από 01/07/2006 έως 17/08/2006, ενώ η έναρξη του πρωταθλήματος της Δ΄ Εθνικής Κατηγορίας ορίστηκε για τις 17/09/2006.
Τέλος, ύστερα από κοινό αίτημα της ΑΕ Χανίων και του ΑΟ Χανίων, αποφασίστηκε να συμμετάσχει στο προσεχές πρωτάθλημα Δ΄ Εθνικής το σωματείο ΑΟ Χανίων, ως δευτεραθλήτρια ομάδα του τοπικού πρωταθλήματος, λόγω της οικονομικής αδυναμίας της ΑΕ Χανίων να συμμετάσχει στη συγκεκριμένη διοργάνωση.